元、明、清3個朝代的首都皆位於大陸北京，為何現存的皇宮只有明、清時期的北京故宮（又稱紫禁城），卻不見元代的皇宮？大陸歷史學者紀連海指出，2016年北京故宮工作人員在鋪設消防管道時，意外發現地底下藏有一座宮殿遺址，元代皇宮位置的謎團才終於被揭開。

2016年北京故宮工作人員在隆宗門廣場西側鋪設消防管道時，意外發現地底下藏有一座宮殿遺址，請專家鑑定後發現，這塊地擁有元、明、清3層不同時期的地質結構，被稱為「故宮三疊層」，再仔細研究後發現，這座宮殿遺址的真身就是失蹤多年的元代宮殿，但如果要展示，就必須挖掘北京故宮，於是考古人員最終選擇放棄，將土填了回去。

該處地層位置依年代由近到遠分別為，清中期的磚鋪地面和磚砌排水溝；明後期的牆、門道基址、鋪磚地面，以及明早期的建築基槽；最下層為元代的素土夯築層、夯土鋪磚層基槽。

元大都和元代皇宮的位置多年來都撲朔迷離，而北京故宮作為皇家遺存，處於元、明、清的核心地帶，具有唯一性，因此考古學家認為元代皇宮可能位在北京故宮附近，然而明朝建造北京故宮時曾重做地基，將元代工程清除得非常乾淨，因此這個發現十分罕見且難得，在北京故宮發展史上具有標誌性作用和極為重要的意義。