日本企業是泰國最大的海外直接投資金主，受水災衝擊也最大。為了恢復生產和避免同樣情況再次發生，日本企業可能會調整其全球生產的佈局，轉而對泰國鄰近地區如印尼和越南等加強投資。東方匯理銀行的首席日本經濟師關戶孝洋指出，水災讓日本企業高層理解集中一地生產的風險。雖然泰國是理想生產基地，但投資泰國的熱度將冷卻下來。

水災切斷日系車商和電子商的供應鏈，零件短缺影響到他們的全球運作，讓先鋒、本田和豐田等多家日本大廠都無法進行財測。本田在11月底前將持續縮減北美廠產能，只要零件供應問題能喘一口氣，在12月1日和2日就能回復正常輪班生產作業；但不能確定2日後的情況發展。本田希望泰國能改善疏洪道等基礎建設；總理穎拉已提出1,300億泰銖(約1,274億台幣)防洪建設，要讓投資人相信泰國仍是安全之地。

本田計劃讓泰國鄰國的廠房採取彈性管理生產。先鋒承認未來必須分散投資泰國和其他國家。隨著東南亞的消費力上升和東協(Asean)計劃在2015年統合成為單一市場，日本企業在東南亞區域內的供應鏈分佈情況也可能出現改變。第一生命研究所的經濟學家師西濱徹認為，印尼和越南去年較泰國更吸引外國直接投資，也開始吸引許多日本企業的投資。因為印尼人口龐大、內需殷切，越南人口也持續上升。在東協5.91億人口中，印越兩國人口總合即占一半以上。

不過日本外貿協會(JETRO)認為泰國的基建和廠商群聚效應有利許多日本企業運作，因此應該不會出現日商大舉撤出泰國。但JETRO 也認為水災會減少日本廠商對泰國增加投資的興趣。