細菌多年以來一直身負惡名。它們是感染和疾病的罪魁禍首，是要洗刷干淨、大家避之唯恐不及的壞家夥。但是現在研究者們細致研究了另一類細菌，這類細菌對人的健康與疾病可能有著比壞細菌更重要的作用，它們就是人類體內和體表的100萬億好細菌。

人們對這些好細菌知之甚少。它們對人體來說必不可少：幫助身體消化食物、合成某些維生素、形成保護層對抗致病細菌。但健康人身上的好細菌是什麽樣的？它們在人與人之間又有多大差異呢？

在美國聯邦政府新發起的一個叫做“人體菌群計劃”（Human Microbiome Project）的 5 年科研項目中，來自 80 個不同機構的 200 名科學家從近 250 個健康人身上采集了細菌，並測定了這些細菌的基因組成。這個計劃常被拿來與“人類基因組計劃”相比較。

科學家們發現的細菌種類遠超他們的想象——每個人身上都有上千種細菌。而每個人身上的所有細菌，也即菌群，跟其他人的都不一樣。更讓科學家們吃驚的是，他們還在其中找到了某些致病細菌的蹤迹。但這些致病細菌乖乖地與鄰居們和諧相處，並沒有致人生病，甚至沒有借機向外傳染。

這些研究結果發表在了6月13日的《自然》和《公共科學圖書館》（PLoS）旗下的3本學術雜志上。這個領域的整個研究前景也許就此改變。這個研究“太棒了”，參與這一項目的普林斯頓大學微生物學家邦妮•巴斯勒（Bonnie Bassler）說，“這些論文象征著我們對影響人類健康的細菌的了解向前進了一大步。”

巴斯勒博士補充道，直到不久前人們都以爲人體菌群中的這些細菌只是在人身上“搭個便車”。關于它們的研究很少，微生物學家解釋說，因爲想要深入了解它們並不容易。這些細菌非常好地適應了人類的體表和體腔環境，適應了在不同細菌的包圍下生存，因此很難在實驗室條件下培養。即使它們在實驗室條件下成功存活，這種與人體完全不同的環境也往往會改變它們的行爲習性。只有在比較便宜快捷的基因測序方法問世之后，研究者們才有了研究這些細菌是何種類的可能。

DNA序列檢測其實跟過去使用顯微鏡所起的作用相似，參與這次人體菌群計劃的研究者之一、哈佛大學公共衛生學院的柯蒂斯•哈頓哈烏爾（Curtis Huttenhower）這樣解釋。這種檢測手段可以讓研究者們通過細菌本身的一些獨特DNA鑒別出本來難以發現的細菌種類。

這個研究還可以幫我們建立衡量菌群是否健康的標準，有助于更好地研究抗生素如何破壞人體內的微生物環境，以及菌群複原需要多長的時間。

近年來，研究者們開始在小型的研究中分析菌群，並逐漸發現了它們的重要性。這些細菌的存在不但可以幫人保持健康，也許還可以解釋爲什麽不同人對藥物的反應如此不同，以及爲何當疾病來襲時有人很快中招，有人卻安然無恙。人體菌群的破壞被認爲可能與一些慢性病，以及腸易激綜合征、哮喘等症狀，甚至肥胖症有關。斯坦福大學的微生物學家大衛•雷爾曼博士（Dr. David Relman）說，人就像珊瑚一樣，“是不同生命形式的集合體” 。

美國國家癌症研究中心癌症預防小組的主任巴尼特•克雷默博士（Dr. Barnett Kramer）卻有另外的看法。他說，某種意義上人主要由微生物組成。對人體內的菌群而言，“我們可能只是個包裹”，他補充道。克雷默博士並未參與這次的研究項目。

這些微生物從人一出生就開始生長，人體菌群計劃的項目主管麗塔•普勞科特（Lita Proctor）說道。當嬰兒經過母親的陰道時，就從母體的陰道菌群中獲得了細菌。“嬰兒就是微生物磁石，”普羅科特博士說。在出生后的兩到三年中，嬰兒的菌群漸漸成熟壯大，同時他們的免疫系統也日趨完善，懂得鑒別這些微生物是有益的，不去攻擊它們。

普羅科特博士補充說，經剖腹産手術出生的嬰兒則會擁有不同來源的菌群，但隨著菌群的逐漸成熟，這種差異性是會否一直存在尚屬未知。盡管這些細菌個頭很小——在體積上它們只能達到一個人體細胞的1/100 - 1/10，但成年人的體內卻攜有1 - 2.5千克的細菌。消化道尤其受細菌偏愛，被它們住得滿滿的。

“消化道里塞滿的是細菌，而不是食物，”普羅科特博士說道，“占糞便一半重量的可不是食物殘渣，而是細菌。”不過細菌的繁殖速度非常快，隨糞便排出體外后它們的數量會很快恢複。

哈頓哈烏爾博士說，細菌的存在也有利于免疫系統。最好的例子就是陰道，陰道內的有益細菌分泌化學物質殺死其他細菌，並形成不適合其他細菌生存的微酸性環境。

一些研究者認爲，把菌群看成人類個體的一部分，是一種全新的看待人類的方式。

但研究人體內的菌群是個浩大的工程。之前針對人體菌群的研究規模都很小，大多是檢查健康人的糞便細菌或唾液細菌，又或是檢查患有某種疾病（如腸炎）的人的糞便細菌，因爲體內細菌被認爲對這些疾病的病情有一定作用。

但是，那時很難知道該拿這些研究做什麽，人體菌群計劃的研究人員之一、克雷格•文特爾研究所的微生物學家芭芭拉•麥希（Barbara B. Methe）如是說。“那時退一步想想：‘我們都沒有一個種群研究。一個正常的菌群該是什麽樣？’”她說。

第一個要解決的問題是爲這個研究尋找完全健康的研究對象。研究者招募了600個實驗對象，年齡介于18到40歲之間，然后開始折騰他們。他們讓牙醫爲實驗對象檢查牙龈看看有沒有牙龈疾病，檢查牙齒看看有沒有齲齒。他們又讓婦科醫生爲女性實驗對象檢查，看她們是否有真菌感染。他們檢查皮膚、扁桃體和鼻腔。他們要確保實驗對象胖瘦剛好。有時候有些人志願參加實驗，認爲自己的健康狀況非常好，但最后半數都因健康狀況不達標而被拒絕。最終被錄取的實驗對象中有80%都有牙龈疾病或齲齒，要先經牙醫治療才能參加實驗。

等到實驗對象準備完畢——242名沒有鼻腔、皮膚、口腔、消化道疾病的健康人，女性還要保證沒有陰道疾病——研究者便開始收集糞便和唾液樣本，並從實驗對象的牙龈、牙齒、鼻孔、上颚、扁桃體和喉嚨刮取樣品。他們還從肘關節和外耳褶皺部分取樣。最后統計下來，女性取樣部位18處，其中包括陰道內的3處，而男性取樣部位爲15處。研究者對每個研究對象的同一部位樣品都要重複取樣3次，以觀察他們身體的細菌組成是否穩定，最后樣品總數達到11174。

爲了編錄整理人體菌群中的細菌種類，研究者爲細菌的DNA找了一個特殊的標記——16S核糖體RNA，作爲細菌的一個遺傳標記物，它在不同細菌間的細微差異可以用作鑒定不同菌種的標準。研究者將細菌的DNA測序，想找到菌群中的獨有基因。最后得到的卻是數量大到驚人的數據，超級電腦也無法獨力承擔這麽海量的數據，如哈特哈烏爾博士所說，帶來了一個“巨大的運算挑戰”。

他說，研究的下一步就是更好的了解菌群如何影響健康與疾病，並嘗試著人爲改變菌群來改善健康狀況。但是，雷爾曼博士坦言，“我們現在觸及的還只是皮毛。”

是“非常粗略的”，他這樣講道。