以635米的高度爲傲、可以俯瞰東京街景的鈴木塔（注：以現實中634米的東京晴空塔爲原型）竣工。前往參加其開幕儀式的柯南等人，從眺望台上享受著絕美的景色。就在此時，一發子彈擊碎了窗戶玻璃，打穿了一個男人的胸膛。案件發生于一瞬之間，完全搞不清到底發生了什麽，小蘭與少年偵探團都陷入了恐慌。
柯南立刻利用追蹤眼鏡的望遠鏡功能，沿著彈道發現了一個黑色的身影。“從那麽遠的距離進行狙擊，怎麽可能？！”柯南馬上與女高中生偵探世良真純乘坐摩托車追趕逃走的狙擊手，意想不到的是狙擊手居然連警察的巡邏車都打算一起炸掉，整個追蹤過程都被其玩弄于股掌之中。結果，這場激烈的追蹤將FBI也卷入其中，犯人以及狙擊事件的謎團都消失在了大海里。
于是柯南和世良協力，而警察和FBI合作調查此案，終于查出了美國海軍特種部隊“海豹突擊隊（Navy Seals）”的存在。其實這起狙擊事件不過是接下來將發生的大混亂的第一步！與此同時，住在工藤新一家的神秘研究生沖矢昴也不動聲色地秘密行動起來…
      大家有沒有發現一個劇情，好像說最后擊殺的安全距離是連那個海報突擊隊的都打不出來，除非FBI的那位銀色子彈，但是已經是死人的，可是這位沖矢昴卻打出來了，而且后面和那位FBI的同志聯系了。還有就是那個自稱偵探的女高中生的哥哥說也是死了，可是她住院，還是有人來送花，好像也是沖矢昴。
      看來沖矢昴就是秀一啊！！！